软件工程系下设软件工程专业，该专业修学年限四年，是上海市应用型本科试点专业、上海市一流本科专业。专业旨在培养系统掌握计算机软件基础理论、基本知识和技能，具备软件工程专业知识及实践应用方法，能够在软件开发、移动互联网应用、智能产品开发等行业从事软件产品的分析、设计、编码、测试、维护与管理等工作，同时又具备创新精神和国际视野的高素质应用技术型软件人才。
主干课程为程序设计基础（C语言）、数据结构（C语言）、操作系统、数据库原理、算法分析与设计、面向对象程序设计（Java）、软件工程、JavaEE开发与实践、金融IT项目实践、软件测试、软件项目管理、数据分析与挖掘、移动互联网软件开发、项目实战等。
技能证书有全国计算机等级证书、上海市高等学校信息技术水平考试、软件工程师资格证、软件评测师、Java程序员（OCPJP）。
软件工程专业毕业生就业面广泛，学生毕业后可在新能源、计算机软件、互联网、金融等行业工作，可从事Web前后端开发、移动应用开发、数据分析、软件测试运维以及项目管理与支持等方向的相关工作。
